شهدت جلسات البرلمان، على مدار 9 شهور، جولات مواجهة بين الحكومة والنواب بشأن القوانين التى صدرت وأخرى تم مناقشته، بسبب وجود خلافات حول بعض صياغة المواد، ومحاولة كل طرف فرض رؤيته حول موضوع النقاش، في ظل توجيه اتهامات إلى لجنة الشئون الدستورية والتشريعية بأنها تعطل إصدار القوانين المقدمة من النواب حتى تقدم الحكومة مشروعات القوانين الخاصة بها.
"قانون بناء وترميم الكنائس"، خير مثال، والذى وافق عليه البرلمان فى جلسه واحدة قبل فض دور الانعقاد الأول، والذى حرص كل من الدكتور علي عبد العال، رئيس مجلس النواب، والمستشار مجدي العجاتى، وزير الشئون القانونية ومجلس النواب، على إصدار القانون وفق رؤية وصياغة المشروع المقدم من الحكومة بالتوافق مع الكنائس الثلاثة متجاهلا اقتراحات النواب، وتحديدا النواب الاقباط.
ونجحت الحكومة في الخروج من البرلمان بعدد من التشريعات في دور الانعقاد الأول، وعلى الرغم من تأكيد رئيس المجلس بأنهم يعملون لصالح المواطن المصري، إلا أن هذه القوانين تفرض مزيدا من الأعباء على المواطن وتحمله ما لا طاقة له به، بحسب محللين.
ومن أبرز هذه القوانين: "قانون الضريبة على القيمة المضافة"، وبموجب هذا القانون والذى تم إقراره على مدار جلستين تصبح الضريبة المفروضة على بعض السلع ١٣٪ مقابل ١٠٪ المطبقة حاليا فى قانون الضريبة على المبيعات، وذلك بعد مداولات، حيث اصرت الحكومة فى مشروعها على التمسك بنسبه ١٤٪ضريبه، ويرى الخبراء ان هذا القانون احدث بالفعل بعد إقراره حالة من الارتباك داخل الاسواق والأوساط الاقتصادية بشأن التأثيرات والتداعيات المرتقبة على اسعار السلع والخدمات بوجه عام.
وشهد قانون الضريبة على القيمة المضافة، خلافا بين النواب ووزير المالية الدكتور عمرو الجارحي، حول بعض صياغة المواد.
" قانون بتعديل بعض احكام قانون هيئة الشرطة الصادر بقانون رقم ١٠٩ لسنة ١٩٧١"، ويتضمن التعديل زيادة الرسم الإضافي الذى يتم تحصيله على بعض الخدمات المقدمة ومن بينها الرخص والتصاريح والشهادات والمستندات التى تصدرها وزارة الداخلية، والذي شهد أيضا خلافا بين النواب والوزير المسئول.
ومشروع قانون بزيادة الدمغة على الأوراق القضائية لصالح الخدمات الصحية والاجتماعية للعاملين فى القضاء وأسرهم والقوات المسلحة وأسرهم، والعاملين فى الهيئات القضائية.
ولم تقتصر غلبة الحكومة على البرلمان عند ذلك الحد، بل وصل إلى عدم عرض إتفاقية صندوق النقد الدولي على البرلمان، فضلا عن الااتفاقية، المعروفة إعلاميا بـ"تيران وصنافير"، رغم مطالبة النواب بضرورة عرضها على المجلس لأخذ رأيهم بإعتبارهم السلطة التشريعية في البلاد، وممثلي الشعب.
أما عن الدور الرقابي للحكومة، فحدث ولا حرج، حيث أن البرلمان أغفل مناقشة حكومة المهندس شريف إسماعيل، في الكثير من الأزمات التى يئن منها المواطن المصرى، وعلى رأس هذه الأزمات "غلاء الاسعار، وتدنى خدمات التعليم، والصحة"، على الرغم من تكليف المجلس لهذه اللجنا بعمل تقارير حول تلك الأزمات ولم يتم مناقشتها، فضلا عن إغفال المجلس مناقشة عدد من استجوابات النواب حول عدد من القضايا الهامة، وخير مثال على ذلك ماحدث في قضية فساد منظومة القمح.
ووفقا لما كشف عنه تقرير لجنة تقصى الحقائق، نجحت الحكومة فى احتواء هذا الشرح بعد الإطاحة بوزير التموين المهندس خالد حنفى وتقديمه استقالته خشيه مناقشة البرلمان لاستجوابات النواب والتى كانت ستودى حتما إلى إقالة الوزير.