تتلخص طريقة حساب الضريبة على دخول الموظفين باحتساب إجمالي المرتب السنوي، ثم خصم الأموال المخصصة للمعاشات والعلاوات الخاصة سواء التي ضـمت إلـى المرتـب الأساسي أو التي لم تضم ومصاريف العلاج وصندوق التأمين بنسبة لا تزيـد عـن ١٥ % من صافى الإيراد أو ٢٠٠٠ جنيه أيهما اقل، لنحصل على صافى الدخل.
ويـتم خصـم الشريحة المعفاة والتي رفعها القانون الجديد إلى ٥٠٠٠ جنيه والإعفاء الشخصـي ٢٥٠٠ جنيه، لنحصل بعد ذلك على مبلغ الدخل الخاضع للضريبة، والذي تطبـق عليـه الشـرائح وأسعار الضريبة السابق الإشارة إليهما.
ويمكن توضيح ذلك من خلال المعادلات البسـيطة التالي "صافى الدخل السنوي = إجمالي المرتب السنوي – (الحصة في المعاشات + الاشتراك فى صناديق التأمين + الاشتراك فى صناديق العلاج + العلاوات الخاصة)".
أما عن وعاء الضريبة فيمثلها المعادلة التالية " وعاء الضريبة = صافى الدخل السنوي - (الإعفاء العائلي ٥٠٠٠ جنيه + الإعفاء الشخصي ٢٥٠٠ جنيه) ".