موقف محرج تعرض له الشيخ خالد الجندي اثناء تلقيه اتصالا هاتفيا في برنامجه لعلهم يفقهون، حيث شن متصل، يدعى محمود، خلال مداخلة هاتفية على الهواء، هجوما عنيفا على الباحث إسلام بحيرى، قائلا: "يا شيخ خالد لما حضرتك حبيت تتكلم على حاجة طبية جبت دكتور، لكن اشمعنى الدين كل حد يتكلم فيه، زى الولد السافل، اللى اسمه إسلام بحيري بيسب ويشتم فى الدين، فين شيوخ الأزهر من الناس دى.
ومن جانبه، حاول الشيخ خالد الجندى، عضو المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، مقاطعته، أكثر من مرة، قائلا: إحنا بنحفظ للناس مقاماتهم، مينفعش نقول كده، أنا مراعي انفعالك، وإحنا ولا بنتخض ولا بنخاف، لازم الناس تتناقش مع بعض، ده نوع من أنواع العبادة.