تتم عادة عملية بوتكس المعدة بالشكل الطبيعي لها عن طريق استخدام المنظار الطبي، والذي يتم عادة بإدخاله عن طريق الفم وصولاً إلى المعدة، لذلك فلا يمكننا القول على عملية بوتكس المعدة بأنها عملية جراحية لأننا لا نقوم فيها بعمل أي جروح أو شقوق بهدف الوصول إلى المعدة.
وقد يتيح المنظار الطبي للطبيب أن يري طريقة بداية من فتحة الفم وحتى الوصول إلى مكان الحقن في المعدة حيث توجد إبرة الحقن في طرف المنظار وبحين وصولها إلى المعدة يقوم الطبيب المختص بعملية الحقن.
ينبغي قبل الشروع في القيام بعملية بوتكس المعدة أن نحرص على اختيار الطبيب المتخصص في تلك العملية، وكذلك أيضا إجراء كافة الفحوصات الطبية اللازمة قبل القيام بها.