كشف أحد رهبان دير وادي النطرون، اللحظات الأخيرة في حياة قس دير الأنبا أبومقار، قائلاً: "استيقظ الأنبا ابيفانيوس قس دير أبومقار في الصباح الباكر كعادته وأثناء خروجه من قلايته، للتوجه إلى مكان المقدس للصلاة القداس، ولكن تأخر عن الصلاة، وظل الرهبان في انتظار الأسقف المتنيح ليترأس الصلاة، وعندما تأخر ذهبوا ليروا السبب، فوجدوه سقط على السلالم في ظروف غامضة، مما تسبب في فزع الجميع، وفروا إليه مسرعين وظنوا أن ما حدث له إغماء بسبب مرضه".
وتابع الرهبان: "الجميع إلتف حوله لمعرفة سبب إغماءه والقيام بإسعافة حتي وصول سيارة الإسعاف، ولكن حدث ما لا نتوقع وصعق الجميع عندما شاهدنا الأنبا جثة هامدة غارقًا في دماءه، علي الفور تم التواصل مع رجال الأمن والإسعاف وسط حالة من الحزن بين الحاضرين.
تفاصيل مقتل قس دير الأنبا مقار "وادي النطرون".
وترجع أحداث حادث وادي النطرون، عندما تلقى اللواء علاء عبدالفتاح، مدير أمن البحيرة، بلاغا من المسؤولين بدير الأنبا مقار بوادى النطرون، بالعثور على جثة رئيس الدير غارقا فى بركة من الدماء، أمام القلاية الخاصة به داخل الدير صباح اليوم الأحد.
انتقلت على الفور الأجهزة الأمنية بوادى النطرون والمستشار محمود شتية، رئيس نيابة وادى النطرون، وتبين من معاينة الجثة وجود إصابة وتهشم بمؤخرة الرأس ووجود شبهة جنائية وراء الحادث، ورجحت التحريات الأولية قيام مجهول بقتل رئيس الدير بأداة حادة، أثناء خروجه من القلاية، وتم نقل الجثة مشرحة مستشفى وادى النطرون وكلفت النيابة المباحث بكشف غموض الحادث وضبط مرتكبية.
كما قرر مدير الأمن تشكيل فريق بحث برئاسة اللواء محمد هندى، مدير المباحث، ضم ضباط فرع البحث الجنائى بالنوبارية، ومباحث وادى النطرون بالاشتراك وضباط الأمن الوطنى والأمن العام، لكشف لغز الحادث وضبط مرتكبية.
ترهبن الأنبا ايبفانيوس في أبريل 1984 بدير الأب متى المسكين وسيم بيد قداسة البابا تواضروس الثاني أسقفًا ورئيسًا للدير في مارس 2013.