اعتاد الدكتور سيد القمنى على التصريحات المثيرة للجدل، والتى كان آخرها تطاول القمنى على القرآن الكريم فى برنامج "أسرار من تحت الكوبري" المذاع على قناة القاهرة والناس، والذى تم فيه استضافة القمنى مع وكيل وزارة الأوقاف الشيخ سالم عبد الجليل، حيث قال القمنى "إن القرآن الكريم نص تاريخى يقبل النقد"، كما تهكم على القساوسة والشيوخ مطالبا بحرية الإلحاد فى المجتمع، ولهذا أعدت لجنة الشكاوى تقريرا للمجلس الأعلى للإعلام ومن المقرر عرضه خلال أيام فى اجتماعهم المقبل
ونقدم أبرز مواقف صادمة قام بها الدكتور سيد القمنى وهى:
القمنى : داعش نموذج لكتب الأزهر
وسبق لسيد القمنى أن ادعى فى مداخلة هاتفية مع الإعلامى أحمد موسي على قناة صدى البلد، إن الفقه الأزهرى الذى يتلقاه طلاب الأزهر لا يخرج إلا مجرمين وقتلة لايختلفون عن عناصر داعش، موضحا بأن الفقه الذى يتم تدريسه هو من حديث البشر وليس كلاما إلهيا، مؤكدا أن التراث ليس إلهيا بل هو إنسانى".
القمني: أحاديث البخارى بها فواحش مسيئة للنبى
كما زعم المفكر العلمانى، بأن كتاب الإمام البخاري به العديد من الفواحش والأحاديث المسيئة للنبي، وهى تتمثل في بعض الأحادث التى يصعب قولها ويستحى الإنسان من ذكرها، المتمثلة فى المعاملات الإنسانية والعلاقات مع غير المسلمين على حد قوله .
القمنى: الفتوحات الإسلامية فى عهد عمرو بن العاص احتلال
كما زعم المفكر سيد القمنى، فى حوار سابق مع الإعلامى يوسف الحسينى ببرنامج "السادة المحترمون"، أن الفتوحات الإسلامية التى تمت فى عهد عمرو بن العاص حدث فيها فرض الجزية والقتل تحت مسمي الفتح الإسلامي، ولهذا لم تكن بغرض الدعوة ونشر الإسلام، بل كانت بغرض الإحتلال.
القمنى: صلاح الدين الأيوبي ارتكب جرائم يندى لها الجبين
وشن المفكر والكاتب العلمانى المصرى، سيد القمنى هجوما غير مسبوق على القائد الإسلامى صلاح الدين الأيوبى، زاعما بأنه ارتكب جرائم يندى لها الجبين ضد المصريين، على حد قوله.
القمنى: مريم العذراء حملت فى عيسي من كاهن معبد
وفى حوار تلفزيونى سابق زعم القمنى بأن السيدة مريم العذراء حملت فى سيدنا عيسى من كاهن المعبد، وذلك طبقا لبعض الأديان القديمة مثل اليهودية القديمة و الفرعونية.