أصدرت الكنيسة المصرية بيانًا للرد على نظيراته الأرثوذكسية الإثيوبية بخصوص دير السلطان، قائلة: " إننا ننأى عن الرد على ما جاء فيه من اتهامات ظالمة وإهانات جارحة ومغالطات تاريخية بخصوص ملكية وحيازة دير السلطان القبطي.
وأضاف المجمع المقدس في بيان له: "نقدم الشكر لكل من قام بالمساهمة في الحفاظ على الهوية القبطية المصرية لدير السلطان، مثمنا دور الحكومة المصرية بكل أجهزتها في الحفاظ على هذا الدير القبطي كأرض مصرية"، ونشكر الله أن حكم محكمة الصلح الإسرائيلية الصادر فى 28 أكتوبر 2018 بخصوص الترميم في دير السلطان والذي اقتصر على أعمال الترميم على الأماكن الخطرة فقط داخل كنيسة الملاك ميخائيل، وأن يكون ذلك تحت إشراف مهندس مُعَين من قبل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية".
وأكد المجمع المقدس أن الكنيسة القبطية الارثوذكسية كنيسة كتابية أبائية، تتعامل مع القضايا الخلافية بروح المحبة والصلاة والسلام كقول الكتاب المقدس "حد عن الشر واصنع الخير. أطلب السلام وجد في إثره" (مزمور 34: 14).
وقال المجمع المقدس للكنيسة الأرثوذكسية، إن الكنيسة القبطية الأرثوذكسية تتمتع بعلاقات طيبة مع كنائس العالم، كما أن العلاقة بين الكنيستين المصرية والإثيوبية قائمة على أسس المحبة والتعاون والاحترام المتبادل، وظهر ذلك جلياً في الزيارات المتبادلة المملؤة محبة بين بطاركة الكنيستين في العصر الحديث.
وشدد المجمع على أن "دير السلطان القبطي هو أحد أديرة الكنيسة القبطية خارج مصر، ومباني الدير ومشتملاته ومكوناته تدل على هويته القبطية شأنه شأن جميع الأديرة القبطية، وهو جزء من ممتلكات الكنيسة القبطية الأرثوذكسية في الأراضي المقدسة".
وأوضح المجمع أن الدير مجاور لبطريركية الأقباط الأرثوذكس والكلية الأنطونية وباقي الممتلكات بالمنطقة، مستكملًا: "لم تنقطع الرهبنة القبطية في الأراضي المقدسة ولم يخلو الدير إطلاقاً يوماً من الأيام من الرهبان الأقباط المصريين حتى الآن".
وتابع: "بالرغم من المحاولات المتكررة للاستيلاء على الدير لمئات السنين، استطاعت الكنيسة القبطية الاحتفاظ بالدير وفي كل مرة كان يصدر الحكم في صالح الكنيسة القبطية الأرثوذكسية باستلام الدير بكل مشتملاته، حتى المرة الأخيرة في اعتداء 25 أبريل 1970، حكمت محكمة العدل العليا الإسرائيلية أعلي سلطة قضائية في إسرائيل بتاريخ 16 مارس 1971 لصالح الكنيسة القبطية لما لديها من مستندات تثبت ملكيتها وحيازتها للدير كوضع قانوني دائم في الأراضي المقدسة".
وقال المجمع: "إن السلطة الحاكمة رفضت تنفيذ قرار المحكمة، وهنا نؤكد أن دير السلطان كان وسيظل أحد ثوابت مقدسات الكنيسة القبطية الأرثوذكسية في الأراضي المقدسة لكل مصري في العالم أجمع".