ترددت بعض الآراء من خبراء النقل المتخصصين فى مجال السكك الحديدية بوجود الكثير من العوائق أمام مشروع ربط السكك الحديدية المصرية بالسودانية؛ بسبب اختلاف البنية التحتية المصرية عن البنية التحتية السودانية، وتتمثل فى اختلاف قياسات قضبان السكة بين البلدين والفارق فى مساحة القضبان ما يقرب من حوالى نصف متر، مشيرين إلى أنها قد تضر السودان لتغيير البنية التحتية التابعة لها بالكامل؛ لتتناسب مع البنية التحتية بمصر، الأمر الذي قد يكلف الجانب السودانى الكثير من الجانب المادي.
وقال حسن مهدي خبير النقل وأستاذ النقل والطرق بكلية الهندسة بجامعة عين شمس إن اختلاف الطبقة السطحية قد يؤثر على البنية التحتية للمشروع، خاصة إن كان مقترح المسار بالتوزاي مع نهر النيل، فالأراضي المارة بجوار نهر النيل تميل للرطوبة، لافتا إلى أن إنشاء البنية التحتية والدك الخاص بالقضبان قد يؤدى إلى وجود ما يسمى بالتكاسي، وهو عملية اهتزاز القطار بالكامل أثناء الرحلة، وهو الحادث بالفعل على خط "الإسكندرية – مطروح".
وصرح مصدر بوزارة النقل أن هناك العديد من المقترحات الخاصة بالمسار التابع لمشروع ربط السكك الحديد المصرية بالسودانية، فهناك مقترح بتغيير البنية التحتية للسكك الحديد السودانية؛ لتتوافق مع نظيرتها المصرية، خاصة وأن البنية التحتية المصرية تناسب القياسات العالمية.
وأكد المهندس طارق أبو الوفا من خلال تصريحاته لــ" أهل مصر" بأن هناك مشروعا مستقبليا لربط صعيد مصر بالوجه البحري ضمن خطة الهيئة القومية للأنفاق؛ لإنشاء مشاريع القطار السريع، والتى تعمل على دراستها، وأضاف أبو الوفا أن المسار المقترح سوف يبدأ من مدينة السادس من أكتوبر حتى محافظة أسوان جنوبا، وسوف يمتد حتى السودان ضمن مقترح ربط السكك الحديدية، وسوف تكون محطة السادس من أكتوبر تبادلية مع خط "العين السخنة – العاصمة الإدارية الجديدة – العلمين – محرم بك".
فيما ذكر أحد المصادر بوزارة النقل أن المقترح الثانى هو ربط السكك الحديد الحالية مع السودان من وادي حوف حتى شرق السودان، بالإضافة إلى العمل على إنشاء ميناء جاف ومنطقة لوجيستية لتبادل السلع الاستراتيجية الهامة، ويلزم ذلك تحديث البنية التحتية السودانية بالكامل لتتناسب مع مسارات القطارات المصرية والعالمية، بالإضافة الى تغيير الأسطول المتحرك بالكامل وتغيير منظومة الإشارات داخل السودان.
وصرح المهندس أشرف رسلان رئيس هيئة السكك الحديدية أن السكك الحديد بدأت بالفعل دراسة المشروع الخاص بربط السكك الحديدية المصرية مع نظريتها السودانية، فى إطار توطيد العلاقات المصرية السودانية.
وأضاف رسلان خلال تصريحاته لـ "أهل مصر" أنه جارٍ خلال الشهر الحالى الاتفاق على التفاصيل النهائية للمشروع، وبناء على توجيهات الرئيس عبد الفتاح السيسي، بالإضافة إلى انتقال لجنة تابعة لوزارة النقل للوصول لمنطقة وادى حلفا، والتى سوف يبدأ منها مسار مشروع الربط لدراسة المنطقة بالكامل وإجراء التحويلات الخاصة بالمشروع.
وكان مجلس وزراء النقل العرب قد وجه بتكليف المكتب الاستشاري إيطاليا فير عام ٢٠١٢م، وكانت هناك خلافات بشأن الاتفاقية وتحديد المسار، وكان المسار الأول المقترح من أسوان حتى الحدود المصرية ومن الحدود المصرية حتى مدينة وادى حلفا السودانية، لكن لم يتم تفعيل الدراسة بسبب عدم توافر التمويل.
وجاء المسار الخاص بالسكك الحديد بين البلدين بطول ٦٠٩ كم، ويبدأ من أسوان حتى الحدود السودانية بطول ٢٦٩كم، ومن الحدود السودانية حتى مدينة أبو الأحمد بشمال شرق السودان بطول ٣٤٠ كم.