تنظر إسبانيا بعين القلق من نتيجة التعاون المغربي مع إسرائيل بموجب الاتفاق في التخطيط العلمياتي وفي مجالات البحث والتطوير التكنولوجي العسكري والحصول على معدات إسرائيلية عالية التكنولوجيا بسهولة.
تقرير للاستخبارات الاسبانية يثير مخاوف من تعاون عسكري واستخباراتي بين المغرب وأسبانيا
اتضح ذلك في تقرير للاستخبارات الإسبانية بعنوان 'سحابة حمراء في سماء مدريد' يحذر من الخطر الذي قد يمثله هذا التقارب، إذ تخشى مدريد حدوث تغير في موازين القوى في المنطقة. وقد دق التقرير ناقوس الخطر بشأن ما يتضمنه الاتفاق من بناء قاعدة عسكرية شمال المغرب، بالقرب من مدينتي سبتة ومليلية اللتين تعتبرهما المغرب مدينتين مغربيتين محتلتين. يأتي هذا فيما أكد قائد القوات المسلحة الإسبانية تيودورو أوبيز كالديرون أنه لا يعتقد أن المغرب يشكل حاليا 'تهديدا' لسبتة ومليلية، الجيبين الموجودين شمال المغرب تحت السيادة الإسبانية، لكن المغرب يعتبرهما مدينتين محتلتين ويطالب باستعادتهما.