حذر الدكتور يوخن شميت من تنظيف فرشاة الأسنان بواسطة الخل أو مادة مطهرة أو سائل تنظيف؛ حيث تتسبب هذه المواد في تنسل شعيرات الفرشاة، ومن ثم لا تتمكن من تنظيف الأسنان بشكل صحيح.
وبدلا من ذلك ينصح طبيب الأسنان الألماني بتنظيف الفرشاة من خلال نقعها في غسول فم مضاد للبكتيريا لمدة 15 دقيقة، مع مراعاة غسل الفرشاة تحت ماء جار قبل وبعد استخدامها.
وينبغي حفظ الفرشاة في كوب بحيث تكون الرأس متجهة لأعلى، مع مراعاة عدم حفظها في غطاء عندما تكون الرأس مبللة؛ نظرا لأن هذه الظروف تشكل بيئة مثالية لتكاثر البكتيريا.
وينبغي تنظيف كوب فرشاة الأسنان من وقت لآخر في غسالة الصحون. وبشكل عام ينبغي تغيير فرشاة الأسنان كل 3 شهور.