أعلن المهندس إبراهيم عثمان رئيس مجلس إدارة النادى الإسماعيلي، المشرف العام على قطاع الكرة، ضم أشرف خضر للجهاز الفني الحالى بقيادة البوسني دراجان يوفيتش.
وعمل خضر فى النادى الإسماعيلي كعضو فى الجهاز الفني لفترات طويلة قبل أن يتولى القيادة الفنية للعديد من الفرق منها منتخب السويس والمريخ البورسعيدى والقناة، ويعد خضر من أبناء النادى المخلصين الذين لا يدخرون أى جهد فى خدمة ناديهم.
وعلم موقع "أهل مصر" أن خضر يبدأ عمله مع الإسماعيلي بداية من اليوم السبت استعداداً لمواجهة طلائع الجيش في الدوري.لعب 16 مباراة فاز 5 وتعادل 8 مباريات وخسر 3، وله 23 هدفًا، وعليه 19 هدفًا، في موسم 2015 / 2016 كمدير فني مؤقت.
23 ديسمبر 2015، خسر من مصر المقاصة 1 / 4 بالإسماعيلية (مروان محسن / محمود وحيد 2 فى مرمى فريقه).
30 ديسمبر 2015 فاز على إنبى 2 / 1 بالقاهرة (مروان محسن ومحمد فتحى)
موسم 2016 / 2017 مديرًا فنيًا
22 أكتوبر 2016 فاز على الشرقية 1 / صفر ملعب الشرقية ببنها (إيمانويل بناهينى)
27 أكتوبر 2016 خسر من مصر المقاصة 1 / 2 بالإسماعيلية ( إيمانويل بناهينى )
31 أكتوبر 2016 خسر من سموحه 1 / 2 بالإسكندرية ( شكرى نجيب )
4 نوفمبر 2016 فاز على إنبى 2 / 1 بالإسماعيلية ( شكرى نجيب ومحمود متولى من ضربة جزاء )
17 نوفمبر 2016 تعادل مع المصرى 1 / 1 ملعب المصرى بالإسكندرية ( شكرى نجيب )
22 نوفمبر 2016 تعادل مع الزمالك صفر / صفر بالإسماعيلية
27 نوفمبر 2016 تعادل مع طنطا صفر / صفر بالإسماعيلية
1 ديسمبر 2016 تعادل مع المقاولون العرب 2 / 2 بالجبل الأخضر ( محمد أبو المجد بوشا ومحمود متولى / محمد فضل وأحمد على فى مرمى فريقهما الأسبق )
5 ديسمبر 2016 تعادل مع وادى دجلة 1 / 1 بالإسماعيلية ( حسنى عبد ربه)
10 ديسمبر 2016 تعادل مع الداخلية 2 / 2 بالقاهرة ( باهر المحمدى ومحمد أبو المجد بوشا من ضربة جزاء)
14 ديسمبر 2016 فاز على أسوان 5 / صفر بالإسماعيلية ( إبراهيم حسن 2 وباهر المحمدى ومحمد أبو المجد بوشا وتوريك جبرين)
18 ديسمبر 2016 تعادل مع بتروجيت 1 / 1 بالسويس ( شكرى نجيب )
30 ديسمبر 2016 تعادل مع الاتحاد 1 / 1 بالإسماعيلية ( محمد أبو المجد بوشا)
وفاز في مباراة واحدة بكأس مصر موسم 2016 / 2017، بدور الـ 32 مع عرب الرمل، 25 ديسمبر 2016، 2 / 1 (كريم بامبو وأحمد الصعيدي).