الختان الفرعوني هو إعاقة الجهاز التناسلي للمرأة عن طريق بتر البظر بالكامل والشفرين الصغيرين كليا وبتر جزء من الشفرين الكبيرين، ومن ثم تجميع المتبقي منهما بالخياطة أو غيرها ولا يترك إلا ثقبا صغيرا في الأسفل ليكون مخرجًا للبول والدم معا.
ويعتبر الختان الفرعوني من المشاكل المنتشرة في بعض المجتمعات التي يسيطر على التقاليد والعادات المتخلفة وعلى رأسها المجتمع السوداني، والتي تسبب الكثير من الصعوبات ودمار الحياة الجنسية للزوجة، حيث تكون هناك صعوبة كبيرة في الوصول للنشوة والمتعة الجنسية أو حدوث الجماع ذاته.
ويحتاج الأمر إلى تدخل جراحي بتوسيع فتحة المهبل إذا كان هناك صعوبة في الإيلاج وصعوبة في فض غشاء البكارة.
كان العرف، قد حافظ على استمرار الختان الفرعوني حتى اليوم، رغم صدور قانون 1946، الذي يمنع هذا النوع من الختان، فان نوعا أخر من يستمد استمراره داخل المجتمع السوداني من المؤسسة الدينية، ويعرف أيضا بـ"ختان السنة"، ويتم استنادا إلى حديث منسوب للرسول محمد، مضمونه أن "الختان سنة للرجال مكرمة للنساء". لكن عددا من علماء الدين ومن المذاهب الإسلامية المختلفة تدرج هذا الحديث ضمن الأحاديث الضعيفة.
وترجع الدراسات إلى أن شيوع عادة ختان البنات في السودان إلى القرن 14، مع انتقال القبائل العربية إلى شمال السودان واستقرارها به، وهناك دراسات تاريخية أخرى تذهب إلى أن أول شكل للظاهرة ابتدعه الفراعنة.