اصبحت السلطة التنفيذية فى مواجهه حقيقية مع مجلس الدولة، الذى يحاكم القرارات الإداربة التي تصدر من الحكومة، فطبقا للدستور فى مادته رقم ١٩٠ فإن مجلس الدولة يختص بالنظر في القرارات التي تصدر من السلطة التنفيذية "الحكومة"، ولكن بعض القرارات التى ألغاها مجلس الدولة والمتمثلة في اتفاقية "تيران وصنافير" التي وقعتها الحكومة مع السعودية وأسفرت عن التنازل عن الأرض، وما زالت القضية تأخذ شكلا وبعد آخر في محاربة قضايا الدولة ممثلة عن الحكومة فى محاولة انتزاع حكم مغاير من المحكمة الدستورية، واستطاعت أن تحصل على حكم من الأمور المستعجلة باعتبارها غير مختصة في بطلان الحكم.
ووفقا لخبراء القانون فإن الأمور المستعجلة غير مختصة بنظر الاتفاقية وكذلك لا يجوز لسلطة قضائية أن تتدخل في أعمال وأحكام سلطة قضائية أخرى.
كما أن هناك مواجهة أخرى وهي قضية جزيرة تسيوس، التي تنازلت عنها الحكومة لليونان، وهي أراضى وقف تابعة لوزارة الأوقاف،وهو ما أكده محامى الاوقاف فى مرافعته الاخيرة أمام محكمة القضاء الادارى بمجلس اادولة بأنها تتبع لوزارة الاوقاف المصرية.
وتتوالى المواجهات ولم تنتهي عند هذ الحد، بل هناك مواجهة أخرى تكمن في الدعوى التي تقدم بها على أيوب، والتى طالب فيها بوقف وإلغاء قرار بيع محمية الغابة المتحجرة بالقاهرة الجديدة للمستثمرين،وتحويلها لمتحف ومزار سياحى يدر دخلا للدولة.
وذكر أيوب في دعواه، أنه في القاهرة الجديدة يرقد أثر تاريخي بعمر أكثر من 35 مليون سنة يشهد على بدء الأرض وتكوين الحضارة، وهو محمية الغابة المتحجرة، وهى من أندر المحميات الطبيعية على مستوى العالم تحوى حفريات وأشجار أصبحت صخورا بفعل العصور الجيولوجية السحيقة التى مرت على الأرض قبل ملايين السنين، والمعلنة كمحمية طبيعية بقرار مجلس الوزراء رقم 944 لسنـــ1989ـــة.
وأضافت أن هذا الأثر الذي حبا الله، به مصر يتعرض الآن للاعتداء من خلال بيع أرضه لمستثمرين بغرض بناء غابات أسمنتية بدلا من المحمية الطبيعية "الغابة المتحجرة"؛ أن حظ المحمية العسر قد أوقعها بمنطقة يزيد فيها سعر متر الأرض والمباني كل ثانية مما جعل أعداء الثقافة والحضارة والبيئة يتكالبون على افتراسها ولن تصمد المحمية أمام هذه المحاولات دون دعم من المصريين جميعا.
وطالبت الدعوى وقف بيع أي جزء من أرض الغابة المتحجرة بالقاهرة الجديدة، وتطويرها وتحويلها لمتحف ومزارا سياحيا طبيعيا كما كان مخططًا لها من قبل وزارة البيئة لتدر دخلًا على الدولة وينعم به جموع المصريين لا أن تذهب أرضه فريسة لأطماع البعض من المستغلين.