قامت الهيئة المصرية العامة لحماية الشواطئ بالتعاون مع معهد بحوث الهيدروليكا، بدراسة بحيرة المنزلة لمعالجة مشاكل التلـــــــــــــــــوث بها والعمل على تحسين جودة مياهها، فكان هذا المشروع الكبير الذي سيتم تنفيذه على ثلاث مراحل كالتالي: أما المرحلة الأولي والجاري تنفيذها حاليا "مشروع حماية وتكريك بوغازي أشتوم الجميل لتنمية بحيرة المنزلة ".
أما المرحلة الثانية حيث قامت الهيئة المصرية العامة لحماية الشواطئ بدراستها وتصميمها والمتمثلة في تنفيذ أعمال تكريك ببوغاز ومنطقة مثلث الديبة، وكذلك تنفيذ قنوات شعاعية من بوغازي أشتوم الجميل في عمق بحيرة المنزلة، وبقيمة تقديرية حوالي 260 مليون جنيه، وهي المرحلة التي سيكون لها عظيم الأثر على جودة مياه بحيرة المنزلة في مسطح يزيد عن خمسين ألف فدان من مساحة البحيرة.