لم تقف المؤسسات الدينية مكتوفة الأيدي، بعد الإعتداء البشع الذي مارسته قوات الإحتلال ضد رهبات "دير السلطان"، حيث أدانت العديد من المؤسسات الدينية ما حدث .
في البداية قامت الكنيسة الكاثوليكية في مصر برئاسة الأنبا إسحق إبراهيم بطريرك الأقباط الكاثوليك، بإدانة حادث الاعتداء على رهبان دير السلطان بالقدس المحتلة.
ومن جانبه قال الأب هانى باخوم المتحدث باسم الكنيسة الكاثوليكية في مصر، أنه يدين بشدة الاعتداء السافر الذي قامت به قوات الشرطة الإسرائيلية أمام كنيسة القيامة ودير السلطان بالقدس، موضحا أن أي اعتداء على الإنسان هو إهدار لكرامته وحقوقه.
وأضاف "باخوم" أن الكنيسة الكاثوليكية تؤكد على أن القدس بسماتها التي وهبها لها الله هي ملك لكل البشرية وميراث لكل الطوائف والأديان وليس لفئة بعينها.
كما أدانت الطائفة الإنجيلية في مصر حادث الإعتداء الأليم على "دير السلطان"، حيث أعرب القس أندريه زكي، رئيسُ الطائفةِ الإنجيليَّةِ بمصر، عن بالغ القلق إزاء طبيعة التعامل مع الأزمة الحالية من استخدام للعنف ضد رموز دينية بشكل غير لائق ولا يستجيب إلى بنية حقوق الإنسان.
ومن جانبها أدانت لجنة حقوق الإنسان بمجلس النواب بشدة، جرائم سلطات الاحتلال الصهيونى ضد عدد من آباء وشمامسة كنيسة دير السُلطان التابعة للكنيسة الأرثوذكسية المصرية بالقدس واحتجاز أحدهم.
وتساءلت اللجنة عن صمت المجتمع الدولى ضد الجرائم الإسرائيلية البشعة والتى وصلت إلى حد الاعتداء على آباء وشمامسة كنيسة دير السلطان، معلنة رفضها التام للتعرض لرجال الدين، كما تساءلت اللجنة عن موقف الولايات المتحدة الأمريكية التى تدعى أنها تحمى حقوق الإنسان وتحمى مسيحيى العالم، ولماذا تقف صامتة وتشاهد انتهاك سلطات الاحتلال الإسرائيلى على كنيسة دير السلطان بالقدس الشرقية؟ .
كما ندد الأزهر الشريف، باعتداء قوات الاحتلال الصهيونى على الرهبان والشمامسة المصريين، في كنيسة دير السلطان، التابع للكنيسة القبطية الأرثوذكسية في القدس المحتلة.
وأكد الأزهر تضامنه الكامل مع الكنيسة القبطية فى مواجهة اعتداءات الاحتلال وإجراءاته الباطلة، ودعمه لحقها التاريخى فى استعادة دير السلطان، الذى بناه السلطان العادل الناصر صلاح الدين الأيوبى، وأهداه للكنيسة القبطية.
وشدد على أن تلك الاعتداءات تشكل دليلًا جديدًا على أن الاحتلال لا يفرق في جرائمه ما بين كنيسة أو مسجد، وأنه لا يراعي حرمة كاهن أو شيخ، ما يوجب على المجتمع الدولي التدخل لوقف تلك الجرائم ودعم نضال الشعب الفلسطيني من أجل إقامة دولته المستقلة وعاصمتها القدس الشريف، حتى تعود تلك المدينة المقدسة كما كانت دوما، في ظل الحكم العربي، مدينة مشرعة الأبواب أمام أتباع كل الديانات.