نفى الدكتور محيي الدين عفيفي الأمين العام لمجمع البحوث الإسلاميةظن وجود أي خلاف مع وزير الأوقاف، مؤكدًا أن ما أثير في هذا الشأن لا صحة له، جيث قال: "وزير الأوقاف عضو بمجمع البحوث الإسلامية، والوزارة لها أنشطتها المشتركة مع المجمع التي تحقق التكامل والتعاون بين الجانبين"، مضيفًا: "ما يتعلق بأكاديمية تدريب الدعاة والتي دار الحديث حولها، فإن الأكاديمية تقوم على العمل المشترك بين الأزهر والأوقاف والإفتاء - بغض النظر عن مكان ومقر التدريب-، فالهدف الأساسي والأهم هو التدريب والتأهيل للأئمة، والوعاظ، وأمناء الفتوى، لتنمية قدراتهم الذاتية، كما أن الجميع ينتمي للأزهر الشريف من العاملين في الدعوة في هذه المؤسسات، وأن القائمين على التدريب من علماء الأزهر الشريف (المظلة الأساسية للجميع)".
وطالب "عفيفي" الجميع بتحري الدقة عند الحديث حول الملفات المتعلقة بالمؤسسات الدينية في مصر، ومراعاة الصالح العام، وعدم إثارة البلبلة والفتنة بين المؤسسات، وإعلاء مصلحة الوطن الذي يواجه تحديات تفوق كل هذه الأمور وتحتاج إلى التكاتف والتكامل بين الجميع.