يرجع تاريخ انشائها إلى العصر الفاطمي عام 469 هـ، وتعد الوحيدة المتبقية من الجامع العمري عقب نزول الزلزال بإسنا وهدمه لجميع ما حولها، والتي أطلق عليها برج إسنا المائل، لإعوجاجها، واحتفظ الأهالي بها إلى يومنا هذا وهي 'مأذنة الجامع العمري'، والتي تقع بمدينة إسنا جنوب محافظة الأقصر.
وقال أبو عبد الله مفتش الأثار، إن أمير الجيش سيف الإسلام المستنصري، أمر ببناء هذا المسجد منذ قديم الأزل ليكون من أبرز مساجد الصعيد، لافتا إلى أنه تم هدم أجزاء كبيرة منه أكثر من مرة وتم تجديده عدة مرات فتغيرت معالمه الأصلية ولم يبق منه غير المئذنة التي تقع في الركن القبلى من الواجهة الغربية للمسجد.
وأوضح أبو عبد الله أن المسجد طرأ علي قاعدته بعض التغيرات فى أثناء العمارة التي أجريت للباب الغربي سنة 1295 هجرية.. مشيرًا إلى ان رغم التغيير ومرور الزمن، فإن المئذنة، التي يبلغ ارتفاعها حوالي 25 مترًا، حافظت على جمالها بعد الترميمات ولكن زلزال عام 1992 أحدث بها ميلًا واضحًا من الناحية الجنوبية الشرقيه، مؤكدا أن المئذنة بعد بنائها وضع عليها لوح من الرخام كتب عليه عبارة بالخط الكوفى وهى (بسم الله الرحمن الرحيم ، إنما يعمر مساجد الله من آمن بالله واليوم الآخر وأقام الصلاة وآتى الزكاة ولم يخش إلا الله فعسى أولئك أن يكونوا من المهتدين.
وتابع أن المسجد مكتوب عليه أيضا صلوات الله وبركاته على مولانا الإمام المستنصر بالله أمير المؤمنين وعلى آبائه الطاهرين وأبنائه الأكرمين أمر بعمارة هذا الجامع المبارك السيد الأجل أمير الجيش سيف الإسلام ناصر أبو النجم بدر المستنصري أدام الله قدرته، وأعلى كلمته القاضي أبا الحسن على بن أحمد بن النضر فأسس في النصف من ذى الحجة سنة تسع وستين وأربعمائة وسقف في النصف من شهر ربيع الأول سنة سبعين وأربع مائة وفقه الله لمرضاته وأعانه على طاعته كما يصرف اهتمامه إلى عمارته).