استنكر المستشار الدكتور محمد عبد الوهاب خفاجى، نائب رئيس مجلس الدولة، موافقة مجلس النواب على مشروع قانون الجهات والهيئات القضائية واصفها إياها بأنها "استبدادًا برلمانيا غير مسبوق في تاريخ البرلمانات العالمية؛ لأنه تخطٍ وتقييد وتكبيل لسلطات الجمعيات العمومية صاحبة الاختصاص الأصيل في اختيار رؤسائها".
وبعث خفاجي رسالة إلى رئيس الجمهورية، مطالبا بالتدخل لأن القانون يعد عدوانا على استقلال القضاء، بالإضافة إلى أن مجلس النواب تجاهل الدراسات القانونية والثوابت الدستورية حول استقلال القضاء وأصر على إصداره قبل انعقاد عمومية مجلس الدولة بأيام لاختيار رئيس مجلس الدولة الجديد بناء على معيار الأقدمية.
وطالب المستشار خفاجى رئيس الجمهورية بضرورة الامتناع عن الموافقة على ما أقره مجلس النواب من مشروع قانون الهيئات القضائية كما سبق ورفض التوقيع على قانون الجمعيات الأهلية لأنه يضر بالعدالة قائلا: "إذا اهتز القلم في يد القاضى وهو على المنصة ارتعش المدفع في يد المقاتل في الميدان".
وأشار المستشار خفاجى إلى أن القانون يخلق مبدأ جديدًا اسمه مبدأ الاحتراب بين السلطات بديلًا لمبدأ الفصل بين السلطات فضلًا عن أن طريقة نصوصه البدائية تعيد ظاهرة تسييس القضاء وهي الظاهرة الأسوأ عالميا، تضير العدالة لأن مبدأ استقلال القضاء صار من ثوابت الدولة القانونية ولا يجوز لمجلس النواب أن يدير ظهره لنصوص الدستور رافضًا كل ما انتهت إليه الجهات والهيئات القضائية في مجالسها العليا مما يجعله استبدادًا برلمانيا غير مسبوق.
وأوضح أن الموافقة على القانون يعيد للأذهان ما جرى في عهد مبارك حينما عرض مجلس الشعب بعد منتصف الليل قانون يكبل حرية الصحافة وتصدت الجمعية العمومية لنقابة الصحفيين له وظلت في انعقاد دائم لمدة شهور واستطاعت إسقاط هذا القانون واضطرت البرلمان إلى التراجع وصدر قانون آخر توافقى ليتفق مع صحيح الدستور.