تثور التساؤلات في الفترة الأخيرة حول حكم زكاة الزروع في الحالات التي يتعرض فيها المزارعون للخسائر، خاصة وأن الفترة الأخيرة شهدت تعرض المزارعين لخسائر بسبب ارتفاع تكاليف الزراعة ونقص بعض مستلزمات الإنتاج وحالة الكساد التي صحبت منع تصدير المزروعات للخارج بسبب فيروس كورونا، فهل يجب على المزارع الذي تعرض للخسائر أن يتحمل إخراج زكاة الزروع ؟ وهل هناك اتجاهات فقهية تجيز للمزارع الذي يتعرض للخسارة ألا يخرج زكاة الزروع ؟ وهل هناك اختلافات بين الفقهاء حول زكاة الزروع في حالة الخسارة ؟ حول هذه الأسئلة ذهبت أمانة الفتوى في دار الإفتاء المصرية إلى أن زكاة الزروع هى زكاة مفروضة على كل مكلف و مقدار الزكاة يحسب بقيمة العُشر فيما سقت السماء، ونصف العشر فيما سقي بآلةٍ؛ وذلك مِن مجموع نتاج الأرض إذا زاد عن خمسة أوسقٍ (612 كيلوجرامًا)، والأصل أن تخرج الزكاة مِن جِنس الزرع المزكى عنه، مع جواز أن تخرج زكاة الزروع نقدا.
أما في حالة تعرض المزارع لخسائر فإن جمهور الفقهاء ذهبوا إلى أن زكاة الزروع تخرج وفقا لما أنتجته الأرض من ثمار قلت أو كثرت ولا علاقة بمكسب المزارع أو خسارته، لكن مع ذلك فهناك من العلماء من قال إنه في حالة ما إذا ضاق الأمر على المكلَّف؛ بحصول الضرر والخسارة من جراء ارتفاع كلفة النباتات وعدم تغطية الإنتاج لها تغطيةً كافية، فله أن يقلد القول المرويّ عن الإمام أحمد في هذه المسألة؛ فيقتصر على أقل قدرٍ قال به الفقهاء في إخراج الزكاة، وهو من الثمار: التمر والعنب، ومن الحبوب: القمح والشعير، وبه يحصل به أداء فريضة الزكاة في حقه.